perl高效编程pdf perl语言编程第六版pdf

perl编程：如果行列相同，打印行，第二行，第三行，第四行

实践证明可以运行！

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#!/usr/bin/perl

use warnings;

use strict;

use IO::File;

my $file_1 = "./wenti/data1.txt";

my $file_2 = "./wenti/data2.txt";

sub main(){

my $fh_1 = IO::File->new($file_1) or die $!;

my $fh_2 = IO::File->new($file_2) or die $!;

while(<$fh_1>){

chomp();

my $num = $_;

my $fh_2 = IO::File->new($file_2) or die $!;

while(<$fh_2>){

chomp();

my @date = split / /,$_;

my $wdate = $date[0];

if($num eq $wdate){

print $_,"\n";

}}

}}

&main;

在Linux上或者Linux的VM虚拟机上 通过Perl编程实现服务器的自动安装

编一个perl的脚本程序，把变的部分（IP地址）作为perl程序的参数。然后给每个机器上给定不同的参数，执行该perl程序。

更进一步， linux应该支持远程shell比如rsh，或者类似的命令。在本机上弄一个主控的perl脚本，调用上述的perl脚本。这样就不需要登陆各个机器执行perl程序了。

比如：设置服务器的perl脚本，比如叫：setup_server.pl。它接受IP地址作为参数：

$ setup_server.pl 192.168.1.100

然后，主控的机器上，弄一个shell脚本（sh/csh/bash等均可)。比如叫：do_setup_all.sh：

rsh 192.168.1.100 setup_serverl.pl 192.168.1.100

rsh 192.168.1.101 setup_serverl.pl 192.168.1.101

...

rsh 192.168.1.199 setup_serverl.pl 192.168.1.199

注意：

setup_serverl.pl估计得先cp到各个机器上 每个server应该容许当前用户登录，而且容许执行rsh

，只需要执行下面命令就OK了：

$ do_setup_all.sh

perl语言编程这门课让你感兴趣的内容有哪些,为什么

perl语言编程课程感兴趣的内容主要有正则表达式、文件作、字符串作、面向过程和面向对象、CPAN模块。

1、正则表达式：perl语言处理正则表达式强大，可以用极简单的表达式完成很复杂的文本处理任务。掌握好正则表达式，可以提高perl程序的开发效率和功能。这也是感兴趣的一个perl语言特性。

2、文件作：perl有很多内置函数可以轻松实现文件读取、写入、、移动、删除等作。对文件的全面处理是perl的一大优势，这些函数和功能可以很方便的进行文件处理相关的程序开发。

3、字符串作：perl也内置了丰富的字符串作函数，可以灵活完成切片、查找、替换、分割、连接等各种作。字符串的强大处理能力也是perl的一大亮点。

4、面向过程和面向对象：perl支持面向过程和面向对象两种编程范式。可以按需选择合适的范式，如对算法复杂的可以选择面向对象，简单的功能可以采用面向过程实现。这使perl具有很高的灵活性。

5、CPAN模块：CPAN存放了海量优质的perl模块，涵盖了所有的功能和应用领域。使用CPAN模块可以提高开发效率和程序功能。掌握CPAN模块的使用也是学习perl的重点之一。

perl编程处理DNA序列文件fasta格式，输出大于某数值bp的文件

不需要你自己重新来写，单枪匹马，刀耕火种，不是一个好的办法。

正好我也在做bioinformatics这块儿，学了点bioperl，我帮你写了个小脚本，用这个工具能很快捷的搞定你的序列！！

我大致给你说下，具体自己上bioperl网站看How To。

现在假定你的序列都为fasta格式，先用

cat .fasta > single_all_fasta.fasta

将所有fasta序列整合到一个fasta格式中。

然后编写bioperl脚本（你要事先安ioperl，在debian和ubuntu下很简单，自带源里就有，直接sudo apt-get install bioperl即可，很方便），你参考下：

脚本使用方法为：

perl get_fasta_length.pl single_all_fasta.fasta length.result

脚本我没有测试，一些小错误你可以修改下：

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

use Bio::SeqIO;

my $in = shift; #读取文件名称

my $out = shift; #读取输出文件名称

my $flag = 0; #计数

open WH,">> $out";

$seqio_obj= Bio::SeqIO->new (-file =>'$in',

-f =>'fasta');

while($seq_obj = $seqio_obj->next_seq() ) {

print WH "$seq_obj->desc \t $seq_obj->length\n" ;

print "正在处理第$flag条序列...\n";

$flag++;

}print "完毕，共处理$flag条序列！结果保存至$out文件\n";

close WH;

建议：

学好bioinfo，不会perl不行，不会bioperl更不行，它不仅可以轻松批量处理序列格式，解析blast结果，甚至在脚本里做blast，而且还可以作biosql数据库。呵呵 建议深入学习下。

Perl语言怎么样？发展前景怎么样？可以编什么？

Perl语言是由Larry Wall设计的文字分析报告语言，用于Unix环境下的编程.

发展前景：目前还在用Perl语言开发大型网站的只有日美英，其中日本工作机会多，可考虑。

国内现在一般用PHO ，JAVA。perl作为一种高级语言，特别适合快速开发，尤其是快速原型开发，工具开发等。perl也许很多项目里面不会用到，但是如果你会用perl，那么你就比别人多了一把瑞士，可以做一些意想不到的事情。

Perl强项在于文本处理，或者作为各种程序之间的“胶水，它有着自动识别变量的特征，可以写动态网页，而且拥有大量的共享插件可以用。Perl是一个完整的编程语言，其他编程语言能做的事情他都能做（复杂程度可能有所不同）。

在文本处理方面，生物信息学中用的很多很多。

扩展资料：

Perl编程小技巧

1、Perl超时机制

eval

{my $tmpCmd="ping 192.168.0.1";

local $SIG{ALRM} = sub { alarm 0; die "TIMEOUT"; };

alarm(10);

my $startCmdResult = qx($tmpCmd);

alarm(0);

};

if ($@ =~ /TIMEOUT/)

{print "ping timeout";

}2、忽略SIGCHLD信号,避免产生僵尸进程

$SIG{CHLD} = 'IGNORE';

3、等待

sub show_flower

{local $| = 1;

my @progress_symbol = ('-','\\','|','/');

my $n = 0;

my $count=8;

while($count--)

{#print "

$n = ($n>=3)? 0:$n+1;

select(undef, undef, undef, 0.1);

}#print "

local $| = 0;

}4、 Perl多行注释

单行注释：用#号

多行注释：

常用的方法是使用 POD(Plain Old Documentations) 来进行多行注释。方法如下:

=pod

codes to comment

=cut

5、类似于unix shell中的“此处文档”语法

#!/usr/bin/perl -w

$P = 3.1415926;

print <

the price is $P.

Hello World.

EOF

6. Perl常量的用法

use constant PI => ( 4 atan2(1,1) );

PI=6; # Cannot modify PI; produces an error.

use constant DEBUG => 1;

print "Pi equals ", PI, "...

参考资料来源：

如何系统的学习Perl语言

学习窍门:

1、查询文档

如果你对某个函数的使用不清楚，那么在命令行上使用 perldoc 函数名 来查阅 Perl 自带文档。你也可以把 函数名 替换为模块名来查阅模块文档。例如perldoc LWP::Simple 当然, 如果英文有困难的话，还是建议阅读 Oreilly 书籍。

2、程序调试

不管你的程序多短，使用 use warnings 和 use strict 对你找到错误有非常大的帮助。庆幸的是, klaus 已经翻译了一篇绝妙的调试文章 Brian 的 Perl 问题之指南

3、提问的智慧和寻找答案的能力

初学时碰到的许多问题 都已经被别人问过了而且很有可能已经被回答了。

所以，要学会使用 google 或论坛搜索你的答案。遇到问题时，可以把问题表达出来，阅读相关文档，尝试写程序自己解决。

如果实在没有头绪的话，尝试到论坛里或者是用户组来提 问，通常，大家更乐意帮助那些已经对自己的问题作过研究的人，那些只要答案的人常常没人理睬。

学习语言是一个自己反复研究，尝试的过程，不要依靠别人的帮 助。